在午時三刻問斬主要的原因，與古代的陰陽學說有關。
實際上，午時三刻問斬的說法是從明清小說裏流傳開來的，並不是每個朝代都將行刑時間定在午時三刻，像唐宋時，也會根據二十四節氣來挑選執行死刑的時刻。午時三刻說法的盛行，確實和小說話本的廣泛傳播有關。
古代壹天十二個時辰，劃分為壹百刻，午時三刻約是今天的中午十壹點到十三點之間，此時是壹天中太陽光線最強烈的時刻，按古人的說法是，這個時候陽氣最盛。
古代陰陽學說很盛行，人們認為犯了大罪的犯人屬?陰?，死後必會入陰曹地府，受盡折磨，這種人的陰氣比壹般人都來得重，因此要在正中午的時候殺死他，才能壓制住他的陰氣，避免他的鬼魂跑出來尋仇作祟。
另外，午時三刻剛好是休息時刻，此時百姓們結束工作，正是回家吃飯休息的時候，人比較多，也就更容易聚集圍觀人群，圍觀問斬雖然有點讓人不忍直視，但其實這從官府的角度來看，也是個很好的威懾作用。
親眼看見犯罪的人被問斬的慘狀，可以提醒並威懾百姓安分守己，莫要犯事。加上午時三刻時，日光正足，人的精力相對較弱，也就是所謂的?伏枕階段?，容易犯困，意識不清，犯人在這種情況下被問斬，多少會減輕壹絲痛苦。
其實午時三刻問斬，其主要對象還是壹些罪大惡極的犯人，壹些情節沒那麽嚴重的，也會選擇在其它時刻執行，比如唐代的律法就曾規定，只能在未時到申時這段時間內行刑問斬。
因此，總的來說，選擇午時三刻，主要是古時人們的鬼怪思想在主導，其次是有壹個殺雞儆猴的作用。