在印尼語中，這座寺廟也被稱為坎迪。這個詞也被隨意用來形容任何古代建築，如門框和浴室。婆羅浮屠名字的來源尚不清楚，盡管印度尼西亞大多數古代寺廟的原始名稱已經丟失。“婆羅浮屠”這個名字最早出現在斯坦福·萊佛士爵士的《爪哇史》壹書中。萊佛士記錄了壹座名為“婆羅浮屠”的佛塔，但沒有更早的資料記錄同名。
唯壹記錄這座佛塔線索的古代爪哇手稿是Mpu Prapanca在公元1365年寫的Nagarakertagama，其中壹座佛教寺廟被稱為“布爾杜爾”。這座寶塔很可能是婆羅浮屠，但在這份手稿中沒有更多信息來證實它。人們認為，萊佛士記錄的Bore-Budur這個名字及其衍生詞BoroBudur在英語語法中的意思是Bore村附近的寺廟；書中的大多數寶塔都是以附近的村莊命名的。按照爪哇人的習俗，這座佛塔的名字應該是布德博羅。萊佛士還認為，布都可能對應於現代爪哇的布達（古代），即古代婆羅洲。另壹種假設是，博羅來自古爪哇語單詞bhara，佛塔的名字是“親愛的佛陀”。也有人認為佛塔的名字來自爪哇島的biara（寺廟），意思是“婆羅洲的寺廟”。
具體原因現在不得而知，所以讓他壹直蒙著神秘面紗。