嘉興科技城定位六大功能：應用性研發和高技術成果轉化，科技創業和孵化，高技術產業示範和知識產業培育，教育培訓，技術轉移，現代生活新居和生態文明新城。嘉興科技城按照“高起點規劃、高品位建設、高水平集聚”的原則，壹期核心功能區規劃面積3.65平方公裏，以技術研發、科技孵化、產業示範、教育培訓、科技商貿、生活服務為主，目標建成為區域技術、信息、人才最為集中的核心高地。二期規劃拓展至10.66平方公裏，圍繞科技企業孵化、高技術產業化和教育培訓，布局科技成果轉化基地和產業示範基地。
壹期核心功能區逐步形成以清華、中科院為龍頭，軟件園、通訊園、芯片園、材料園、生物園、孵化園蓬勃發展的“雙核六園”格局。入駐各類機構過百家，引進博士、碩士250多名，海外留學歸國人員近百人。自身技工貿總收入自2006年2600萬元至2008年17億元，兩年增長逾60倍。
根據“五年成勢、八年成型、十年成城”的中長期規劃，到2015年，以嘉興科技城為核心的嘉興市南湖區計劃實現產值800億元，並以此帶動全省相關產業產值2000億元以上，真正成為嘉興市打造省區域創新體系副中心的主平臺和核心區。