大嶼群島（大嶼群島）
屋久島、種子島、口永良部島、馬毛島（無人島）、竹島、硫磺島（薩摩島）和黑島。
圖加拉群島（トカラ群島）
口之島、中之島、蛇島（無人島）、小蛇島（無人島）、平島、安成島、大島（無人島）、鮑曉島、包道島、上之根島（無人島）和橫蕩島（無人島）。
奄美群島（奄美群島）
奄美大島、直有九島（無人島）、傑西島、嘉積鹿馬島、姜仁武島（無人島）、須子茂島（無人島）、何璐島（何璐島）、ハンミャ島（無人島）、請島和山姆島。
崇瓦群島
（日語:沖向群島；中文為“沖繩群島”）
硫磺島（無人島，日語:硫磺島）、沖繩島（沖繩本島）、萊迪島（坦迪島）、水南島、宮城島（大益尾村）、宮城島（禦留馬市）、伊磯島、濱比家島（布比家島）、平安島和有間島。
伊菲戈伊是壹個著名的群島（伊菲戈伊是壹個著名的島嶼）:伊菲戈伊島、野夫島（無人居住的島嶼）和伊伊是壹個著名的島嶼。
清涼澗群島（清涼澗群島）
杜家鳧島、千島島、左尖尾島、阿甲島、清流尖島等島嶼（無人島？清涼澗機場）、鰲屋島（左尖尾村無人島）
蘇果島（蘇果島）、渡邊島
米庫島、大久保島（米庫島鎮）、東大久保島（ォーハ島）、米庫鳥島
仙道群島【編輯】
（日語:仙道群島；中國人稱“仙道群島”）
宮古群島（宮古群島）
宮古島、郗鑒島、沈達島、來尖島、壹兩埠島、夏迪島、水那島和多兩尖島。
八重山群島（八重山群島）
石垣島、竹嶼島、肖斌島（肖邦島）、黑島、新城島、西標島、鳩山島、魚部島、趙波島和長野島（和長野島）
釣魚島及其附屬島嶼（尖閣列島）中日雙方均聲稱擁有主權，臺灣省的行政權由宜蘭縣管轄。
釣魚島（釣魚島）、黃薇島（久場島）、赤尾嶼（大正島）、北島、南島、北島（沖北巖）、南島（沖南巖）、飛魚島（日語:大東群島；中文名稱為“大東群島”）
北大東島、沖大東島、南大東島