黃芩的根入藥，味苦、性寒，有清熱燥濕、瀉火解毒、止血、安胎等功效。主治溫熱病、上呼吸道感染、肺熱咳嗽、濕熱黃膽、肺炎、痢疾、咳血、目赤、胎動不安、高血壓、癰腫癤瘡等癥。黃芩的臨床抗菌性比黃連好，而且不產生抗藥性。