在性質方面，溫州北大新世紀是溫州市教育局創辦的四星級中學，屬於公立學校，而溫州東甌中學是壹所民辦全日制寄宿完全中學，也由溫州市教育局管理。
在師資力量方面，溫州北大新世紀附屬學校於1989年成立，擁有經驗豐富的教師，而溫州東甌中學2001年才成立，相對而言師資力量可能不如溫州北大新世紀附屬學校。
綜上所述，溫州北大新世紀和東甌都有各自的優點，選擇哪個學校更好取決於個人的需求和偏好。如果更看重師資力量和學校的歷史，可以考慮溫州北大新世紀；如果更看重民辦學校的靈活性和自主性，可以選擇溫州東甌。