1、幹貨保存
買後用保鮮盒或者密封保鮮袋可放到冰箱的保鮮或者冷藏格，通常保質期是3年。或者徹底晾幹後（但不可日光直射），放到通風陰涼無潮的地方。若因處理失當而發現燕窩有輕微發黴，可用牙刷加入少許水分擦凈，將之風幹即可。註：若發現燕窩濕度大，即使打算放入冰箱保存也建議先風幹。
若燕窩已發黴到變黑色，則不可再食用，因為燕窩已經被細菌侵蝕，當中的營養成分亦已經喪失。
2、濕貨保存（已經浸發）
已浸泡挑好毛的燕窩瀝幹後用保鮮袋裝好，放冰箱速凍，正常可以保存壹年。最好是做到用多少，發多少，壹次不要發太多，太透。
3、濃縮保存
在未開封之前儲存於冰箱的冷藏室，當打開之後請盡快食用完，剩下的也是存於冰箱冷藏室。
註：註意區分冷凍、冷藏室的區別。