服務對象不同三亞鳳凰T1航站樓主要服務於國內航班，而T2航站樓則主要服務於國際航班。
在設施上，三亞鳳凰T2航站樓比T1航站樓更為先進，建築面積更大，提供了更多的免稅店、餐飲店和休息區。兩個航站樓緊鄰，步行約2分鐘即可從T1到達T2。