蛋白質標本的制備和分離:找到壹種更好的方法來盡可能完整地從細胞或組織中提取所有蛋白質是比較蛋白質組學研究的重要前提。蛋白質圖像對比分析:通過雙向電泳獲得的凝膠圖譜可以通過圖像分析軟件進行分析和比較。差異蛋白肽的識別:圖像分析顯示的錯配點和異常匹配點是比較蛋白質組學的興趣所在。單行數據庫的搜索和分析:蛋白質數據庫是壹個屬性數據庫，可以通過搜索蛋白質數據庫來分析和確定蛋白質的性質。如果無法搜索到它，它可能是壹種新的蛋白質。