《神秘島》敘述了美國南北戰爭時期，被困在南方軍隊中的五個北方人伺機乘氣球逃脫，途中，被狂風吹到了南太平洋的壹個荒島上。他們並沒有絕望，從林肯島到安全島，從感恩河到遠西森林，從“煙囪管道”到花崗石宮，靠團結和互助，憑智慧和勤勞，從壹無所有的難民，變成了在這片土地上幸福生活的公民。玻璃、煙草、槍支、美食，他們都能靠自己的雙手創造出來。荒島的歲月絕不是壹帆風順的，但每當危難時刻，總有壹個神秘人物在援助他們。他就是《海底兩萬裏》中的尼摩船長。故事的最後，在壹次火山爆發中，格蘭特船長的兒子羅伯特在最後壹刻指揮“鄧肯號”遊艇來解救他們。回到美國後，這些人在屬於自己的土地上，重建林肯島，讓林肯島精神復活。