它的名稱三元的來歷是：學校創建於1984年，在原國務院副總理萬裏同誌、名譽校長張承先同誌關懷與指導下，原國家教委特批，由北京大學、清華大學***同選派教學、科研、管理骨幹來校直接援建，並要求兩校把支援煙大納入長期工作計劃。由於是煙臺市政府,北京大學和清華大學三方合建,因此把當時有壹個小水塘擴建成的人工湖成為三元湖.湖中栽種有友誼蓮，碗蓮，睡蓮等知名蓮種。湖的西面還停放有幾條小船供該校航海學院學生做出海前的學習。到夏天，三元湖邊柳樹成蔭，學生們三五成群坐在草坪上，石凳上納涼學習。成了學校裏壹道亮麗的風景線。
不過,在學校裏面,還有壹些其他的說法:如三元代表了學生上了大學之後的三個階段學士,碩士和博士.或者三元代表當時建設三元湖時是老師同學每人出資三塊錢的傳聞