對於慢性腎盂腎炎的治療，應采用綜合措施。
（1）全身支持療法。註意適當休息，增加營養，糾正貧血，靜脈補充丙種球蛋白，中醫中藥調整等以促進全身情況的改善。每日需要保持足夠液體的攝入。
（2）加強抗菌藥物治療。抗菌藥物治療對慢性腎盂腎炎有非常重要的意義。要達到徹底控制菌尿和反復發作的目的，應根據尿液細菌培養和抗生素的敏感試驗結果，選用最有效和毒性小的抗生素，如復方磺胺甲唑、氨芐西林、呋喃妥因、頭孢立新等。療程目前尚未定論，但至少應用2～3周，有時需小劑量維持幾個月以上。
治療期間，需反復檢查尿液中的白細胞和細菌培養。如治療無效，或雖當時見效但復發頻繁，並經過兩次積極治療仍不成功者，宜采用長療程低劑量抑菌治療。其目的是抑制細菌的生長繁殖，防止癥狀型尿路感染的急性發作。有些病例在抑菌治療後腎功能改善。長療程低劑量抑菌治療的方法是：每晚在臨睡前排尿後口服1次單劑量的抗生素，劑量壹般是每天劑量的1/3～1/2，治療1周後復查尿培養，以後每月復查壹次。長療程抑菌法可用1年或更長的時間。
有的學者認為，將抗菌藥定期交替使用，對防止耐藥性有好處。
（3）糾正尿路的復雜因素。在慢性腎盂腎炎患者中，有膀胱輸尿管反流者占相當比例，對於有嚴重反流的小兒應盡早手術治療，至於成年人膀胱尿管反流是否應行手術治療，目前仍有爭論。壹般認為：50歲以下且伴有尿路癥狀者，宜選擇外科治療。對於有尿路梗阻者，如尿路結石、先天性尿路畸形、包莖、輸尿管結核、前列腺肥大等也應盡早處理。
（4）對癥治療。控制和清除體內感染病竈，如前列腺炎、慢性婦科炎癥等，對腎功能不全者要適當處理。註意維持體內水、電解質和酸堿平衡。高血壓者要降壓。
慢性腎盂腎炎大都是耐藥細菌（如普通變性桿菌、綠膿桿菌、克雷伯桿菌）引起的感染，且多為復雜性尿路感染，故臨床療效不理想。