黑木耳營養豐富，本身無毒。但長時間浸泡在水中，可能會引起變質，產生生物毒素，或滋生細菌、真菌等病原微生物(浸泡8小時以上，變質滋生的細菌量會達到幾倍到幾十倍，可能會產生毒素)。
美國食品藥品監督管理局對涼拌菜做過專門的測試，結果顯示，涼拌菜在室溫下保存超過2小時，就會被微生物汙染而變質，尤其是保存在26度以上。如果吃剩下的涼拌菜，因為用筷子翻過，保質期更短。
每到夏季，腸炎、痢疾等感染性腹瀉患者會明顯增多，這與涼拌的制作方法不當或食用保存過久的涼拌有很大關系。
食用冷拌黑木耳的註意事項
1，出血性中風患者慎食。
黑木耳被譽為“食物中的阿司匹林”。經常食用黑木耳，可以抑制血小板聚集，降低血液中膽固醇的含量，對防治冠心病、動脈硬化、心腦血管疾病相當有益。雖然黑木耳有很多好處，但是出血性中風患者由於凝血功能較差，還是要謹慎食用。
2、黑木耳壹定要煮熟了再吃。
黑木耳中有壹種叫嘌呤核苷的物質，叫做黑木耳多糖。它具有很強的抗凝血活性、抗血小板聚集和抗血栓形成作用。需要註意的是，黑木耳只有經過高溫蒸煮，才能提高膳食纖維和黑木耳多糖的溶解度，有助於吸收利用。所以黑木耳壹定要煮熟，不能泡在水裏直接吃。
3.血脂異常的人要註意自己的食用。
血脂異常的人經常吃黑木耳進行食療，但只能作為藥物治療之外的輔助手段，每周吃2 ~ 3次即可。
4.千萬不要吃不適合黑木耳的食物。
有抗凝作用，不適合有出血性疾病的人。孕婦不宜多吃。木耳不宜與螺螄同食。從食物藥性來說，寒性螺螄，遇到滑滑的黑木耳，不利於消化，不宜同食。患有痔瘡的人不宜將黑木耳和野雞同食，野雞毒性小，同食易誘發痔瘡出血。木耳不宜與野鴨同食。野鴨味甘性涼，容易消化不良。
5、木耳+白蘿蔔:引起皮炎。
6、木耳+綠蘿:引起皮炎。
7、木耳+麥冬:引起胸悶。
8、木耳+海螺:腹脹。