傳統制法將蒸熟的黃豆用稻草包裹起來，稻草浸泡在100度的沸水中以殺菌消毒，並保持在攝氏40度放置壹日，稻草上常見的枯草桿菌（納豆菌）因可產生芽孢而耐熱度高，殺菌過程不受破壞，高溫培養速度快也能抑制其他菌種，並使黃豆發酵後產生黏稠的絲狀物，這種黏稠外觀主要來自成分中的谷氨酸，被認為是納豆美味的來源。納豆具有黏性，氣味較臭，味道微甜。
傳統上先將納豆加上醬油或日式芥末（壹般在百貨所賣的盒裝納豆，使用的是日式淡醬油還有黃芥末），攪拌至絲狀物出現，置於白飯上食用，是為納豆飯。也有人將納豆和生雞蛋、蔥、茗荷、蘿蔔、柴魚等各種食材壹起混合。在北海道、東北地方有時也將納豆和砂糖混合。亦有加上蛋黃醬的創意吃法。若未經攪拌便加入醬料會使水分過多，粘性也會有所消減，蔥和芥末則能抑制?納豆氨?刺鼻的氣味。不習慣吃納豆者則以為是腐壞的水煮黃豆。
納豆含有非轉基因黃豆全部營養和發酵後增加的特殊養份，含有皂素，異黃酮，不飽和脂肪酸，卵磷脂，葉酸，食用纖維，鈣，鐵，鉀，維生素及多種氨基酸、礦物質，適合長期食用維護健康。
經日本的醫學家、生理學家研究得知，大豆的蛋白質具有不溶解性，而做成納豆後，變得可溶並產生氨基酸，而且原料中不存在的各種酵素會由於納豆菌及關聯細菌產生，幫助腸胃消化吸收。納豆的成分是：水分61.8%、粗蛋白19.26%、粗脂肪8.17%、碳水化合物6.09%、粗纖維2.2%、灰分1.86%，作為植物性食品，它的粗蛋白、脂肪最豐富。納豆系高蛋白滋養食品，納豆中含有的酶，食用後可排除體內部分膽固醇、分解體內酸化型脂質，使異常血壓恢復正常。
因為長期食用納豆有明顯降低心腦血管發病率的作用，許多國人也逐漸開始流行起吃納豆。