葡萄糖代謝:葡萄糖→糖酵解產生丙酮酸。
有氧條件下:丙酮酸→ TCA循環→ CO2和H2O。
厭氧條件下:丙酮酸→乳酸、丁酸、乙醇等。如果甲烷發酵在厭氧環境中繼續進行。
然而，乳酸、丁酸、乙醇等。在有氧環境下進入TCA循環，生成CO2和H2O。
纖維素分解和代謝
纖維素→纖維二糖→葡萄糖→糖代謝產物。
纖維素和澱粉的相似之處在於葡萄糖是單體單元，但它們的不同之處在於葡萄糖單體之間的連接方式不同。澱粉可以被許多微生物水解和利用，而利用纖維素的微生物是有限的。壹些細菌、放線菌和真菌(如青黴、曲黴、鐮刀菌、木黴等。)能產生纖維素酶，纖維素酶將纖維素水解成葡萄糖，然後葡萄糖像澱粉壹樣進入葡萄糖代謝循環，在有氧和無氧條件下產生不同的產物。
油脂的分解和轉化
脂肪由甘油和脂肪酸組成。壹些細菌和黴菌水解脂肪產生甘油和脂肪酸，並進行代謝。
甘油:甘油→丙酮→在氧氣下氧化成乙酰輔酶→ TCA循環代謝產物。
簡單的酸、酮和其他中間產物是通過厭氧代謝產生的。
脂肪酸在有氧條件下發生β-氧化生成乙酸，然後轉化為乙酰輔酶a，進入TCA循環，生成CO2和H2O產物。在無氧條件下分解成簡單酸、CO2、CH4等物質。
芳族化合物轉化(含苯環的衍生物)
苯環類物質:如酚類，苯環首先被能利用酚類的微生物打開，形成鏈狀含碳物質，然後在有氧條件下進行含碳物質的有氧代謝和無氧代謝。
烴類化合物:不飽和烴，如稀烴、炔烴等，是微生物利用烴類物質打開形成烷烴。烷烴在氧氣下被氧化成脂肪酸，然後進入脂肪酸的有氧和無氧代謝途徑。