從65438年到0605年，培根用英語完成了兩卷《論學術進步》。這是壹本以知識為研究對象的書，是培根以知識為場域，全面改造知識的宏大理想和計劃的壹部分。培根在書中猛烈抨擊了中世紀的蒙昧主義，論證了知識的巨大作用，並提出了不盡人意的知識現狀和補救措施。在這本書中，培根提出了壹部系統的科學百科全書大綱，對18世紀以狄德羅為首的法國百科全書派編纂百科全書起到了重要作用。
1609年，培根任副檢察長時，出版了他的第三本書《論古人的智慧》。他認為，在遠古時代，就有人類最古老的智慧，而失落的最古老的智慧可以通過研究古代寓言找到。
培根原本打算寫壹部六卷本的百科全書《偉大復興》，這是他復興科學、重塑人類知識的代表作。然而，他未能完成預期的計劃，只出版了前兩部分。1620發布的新工具是本書的第二部分。《新工具》是培根最重要的哲學著作，它提出了近代培根開創的經驗認知的原則和方法。這本書與亞裏士多德的工具相反。
培根在結束自己的政治生涯後，僅用幾個月的時間就完成了《亨利七世傳》這本書，受到了後世歷史學家的高度評價，被譽為“近代史的裏程碑”。
大約在1623年，培根寫了《新島》這本書，這是壹部未完成的烏托邦作品，由羅徠在他去世的第二年首次出版。作者在書中描述了自己對理想社會藍圖的新追求和向往，設計了壹個名為“本色柱”的國家，在這個國家裏，科學主宰壹切，這是培根畢業所倡導的科學“偉大復興”的思想和信念的集中體現。
此外，培根死後留下了許多遺著，後來被許多專家學者整理出版，包括《論事物的本質》、《迷宮的線索》、《對各種哲學的批判》、《自然界的事件》、《論人類的知識》等。
培根在科學史上的地位
弗朗西斯·培根是現代哲學史上第壹個提出經驗主義原則的哲學家。他重視感覺經驗和歸納邏輯在認識過程中的作用，開創了用經驗研究感性自然的經驗哲學的新時代，對近代科學的建立起了積極的推動作用，在人類哲學史和科學史上做出了重大的歷史貢獻。為此，羅素崇敬培根為“邏輯地組織科學研究程序的先驅”。