漢代《神農本草經》記載黑木耳入藥。中醫認為其性平味甘，入胃、大腸。能涼血止血，養血益氣潤肺，滋陰潤燥，養顏美容，養胃健脾。最適合虛脫時漏、痔瘡出血、久病等病癥。神農《本草經》說他“益氣，不饑，養心，剛強”。《飲食正要》稱之為“益五臟，寬腸胃”。《生活情趣飲食譜》早就說:“補氣，抗饑，活血，治跌打損傷。如有出血痢疾，痔瘡患腸風，可常吃。”“惠濟方”用黑木耳30g燒，木賊30g研成粉，各服6g。兩種藥都煎磨成粉，每日兩次，每次10g，用溫酒調服，治療新慢性腹瀉。在“對燴方”中，用30克黑木耳和兩杯水煮木耳至熟。先將木耳加鹽醋食用，然後取汁每日兩次，可治血痢日夜，腹痛。孫的親功效方用黑木耳250克，見煙後炒研成細粉。每次在1g的殘炭中加入6g，用好酒調和即可治愈出汗。民間用黑木耳50克，紅棗30枚，紅糖少許，治療婦女體虛貧血。取黑木耳5克，粳米60克，紅棗冰糖5枚，壹起煮粥。早晚經常服用，可治勞咳、咯血、便血。木耳10g，銀耳10g洗凈，放入碗中浸泡，蒸壹小時。定期服用。可用於治療血管硬化、高血壓性眼底動脈硬化和出血。黑木耳10克、當歸3克、白芍3克、黃芪3克、甘草3克、陳皮3克、龍眼肉3克，水煎，
現代醫學研究發現，黑木耳營養豐富，含有大量的蛋白質、糖、鈣、鐵和鉀、鈉、少許脂肪、粗纖維、維生素B1、維生素B2、維生素C、胡蘿蔔素等人體必需的營養物質，以及卵磷脂、腦磷脂、鞘磷脂和麥角固醇。美國科學家發現，常吃黑木耳能抑制血小板聚集，降低血液中膽固醇的含量，對冠心病、動脈硬化、腦血管疾病相當有益，並有壹定的抗癌作用。黑木耳中的膠質還能吸附和聚集人體消化系統中殘留的灰塵和雜質，並將其排出體外，從而起到清胃養胃的作用。
黑木耳中所含的蛋白質、脂肪和糖類不僅是人體必需的營養物質，也是美容的物質基礎。其胡蘿蔔素進入人體後，轉化為維生素A，具有滋潤皮膚和頭發的作用。卵磷脂能使體脂在體內處於液態，有利於體內脂肪的完全消耗，帶動體脂運動，使脂肪分布合理，身材勻稱。纖維素促進腸道蠕動，促進脂肪排泄，有利於減肥。將黑木耳焙幹研成細粉，加水或牛奶調成糊狀，敷於面部，10~15分鐘後用溫水洗凈，可滋養皮膚，保持皮膚光滑細膩，減少皺紋，消除斑點。
黑木耳營養價值高，味道鮮美，蛋白質含量高。它被稱為“素食中的肉”，是壹種營養豐富的食物。不僅可以作為甜品，還可以治療多種疾病，可謂藥食同源。