獼猴桃為肉質根，1年生，含水量為84%。根的皮層厚，呈片狀龜裂，容易脫落，內皮層為粉紅色，根皮率30%～50%。獼猴桃的導管有兩種：異形導管的細胞特別大，普通導管的細胞較小。獼猴桃根部的異形導管特別發達，根壓也大，養分和水分在根部的輸導能力很強，如3厘米粗的根被切斷損傷1小時左右，整個植株的葉片會全部萎蔫。樹液流動期，切斷某壹部分器官，就會發現很大的傷流（朱道迂，1999）。
獼猴桃直徑1厘米的根占根總量的60.23%，其中91.33%分布在0～40厘米土層；1厘米的根沒有到達60厘米以下。直徑0.2～1厘米根占根總量的32.34%，分布在20～40厘米土層最多，占51.79%；其次是40～60厘米土層，占20.96%；0～20厘米和60～80厘米較少。直徑<0.2厘米根占根總量的7.44%，與0.2～1厘米根壹樣分布在20～40厘米土層最多，占35.08%。
範崇輝等（2003）對7年生秦美獼猴桃的研究表明，根系水平分布最遠在95～110厘米之間。距樹幹20～70厘米範圍土壤內是根系分布密集區，約占統計總根量的86.5%；距樹幹80厘米以外，根系水平分布密度小。根系的垂直分布可深達近100厘米，距地表0～60厘米土層內根系分布密集，占總根量的90.6%～92.0%。其中0～20厘米土層內根系分布密度最大，向下依次降低。
距地0～100厘米土層內，根系分布數量很少。距樹幹50厘米處，根系垂直分布最深，近達100厘米。對10年生秦美獼猴桃根生物量在土層中的分布研究表明，獼猴桃根系不同時期在土壤中的分布情況變化不大，根系主要分布在0～60厘米的土層，占總根量的93.05%，其中40～60厘米的根量占14.95%。隨土壤深度的增加，獼猴桃根量減少。60厘米以下根量很少，60～80厘米的根量只有4.64%，80～100厘米土層中僅為2.32%。
獼猴桃根系生長發育的年周期較地上部分更為復雜。據華中農業大學觀察，土溫8℃左右，美味獼猴桃根系開始活動。約在6月份，土溫20℃左右時，根系生長出現高峰。隨著土溫增高，根系活動減緩。至9月份，果實發育後期，根系開始第二次迅速生長（肖興國，1997）。在陜西周至的研究得出了同樣的結果，即5～7月和9～11月生長較快。
獼猴桃樹生物量年周期變化動態。