天然食用色素來源於天然材料，主要從植物組織中提取，也包括壹些來自動物和微生物的色素。合成食用色素是指用人工化學合成方法制備的有機色素，主要由煤焦油中分離出的苯胺染料制成。幾乎所有的合成色素都不能給人體提供營養，有些合成色素甚至會危害人體健康。
合成食用色素的危害包括壹般毒性、腹瀉、致突變性(基因突變)和致癌性。特別是偶氮化合物合成色素的致癌作用更為明顯。偶氮化合物在體內可分解形成三種芳香胺類化合物，在體內代謝活動後與靶細胞相互作用可能致癌。此外，很多食用合成色素對自身或其代謝產物有毒性，生產過程中可能會混入砷和鉛。
建議盡量少吃合成食用色素。
擴展數據
食用有色食物的註意事項:
使用食用色素時，要註意使用國家批準的食用色素，用量和使用範圍也要符合國家規定的標準。註意，國標的上限是按100%的顏料含量計算的，如果顏料含量不同，則限值要通過計算進行換算。建議客戶進行小規模實驗。
直接用色素粉配制色素溶液，不易在食品中均勻分布，可能形成色斑。宜先用少量冷水打漿，然後在不斷攪拌下加入煮沸的溶液中。使用的水應該是蒸餾水或軟化水，避免鈣鎂離子造成色素沈澱。準備食物或儲存食物的容器應使用耐腐蝕的清潔容器，如玻璃、搪瓷和不銹鋼，以避免接觸銅和鐵。
飲料:註意水質處理和產品避光，選擇水不溶物低的色素，保證產品光亮透明，選擇含量85%的色素，保證產品穩定性好。
乳化香精:應選擇含量85%的產品，雜質少，穩定性好。同時要選擇鈣穩定的日落黃，避免乳化香精中鈣沈澱。
糖果:註意色素要後期添加，最好是在糖煮開之後，與香精同時添加。
乳制品:盡量選擇含量為85%的產品，以減少色素中所含的鹽對乳制品的不良影響。
烘焙/果醬:應選擇85%含量、耐高溫的色素，耐果酸和果肉中的二氧化硫。最好是煮沸後再加入濃色素溶液，二氧化硫含量達到最低點時，所以用溶解度高的色素比較理想，同時要用鮮艷的顏色。
罐頭:選擇耐熱、耐水果酸的色素。櫻桃罐頭是由猩紅的酸沈澱特性著色的，這樣色素就不會滲透到罐頭溶液中。
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