馬的化石非常豐富，所以馬的進化也研究得非常詳細。馬的進化經常被用作進化的例子。
最早的馬，祖先馬，出現在5700萬年前的北美，在始新世。祖先馬只有狗那麽大，背部駝背，四肢有多個腳趾(前腳四個腳趾，後腳三個腳趾)。
從祖先馬開始，有許多分支。有的分支越來越大，越來越好跑，有的分支向小型化發展。到了中新世，以三趾馬為代表的馬科動物成為非常繁盛的動物群，是地層古生物學中常見的化石動物，常被作為地質年代測定的重要依據。
擴展數據
現代馬最直接的祖先是出現在1200萬年前的中新世晚期的恐馬癥，而現代馬出現在400萬年前的上新世。北美壹直是馬和馬科動物的起源和進化中心。馬從這裏出發，向四周輻射。馬通過冰河時期形成的白令大陸橋傳播到歐亞大陸，上新世進入非洲，成為非洲大陸動物群的重要成員。馬也通過中美地峽傳到了南美。
最晚大約在2萬年前，北美的馬已經完全滅絕，南美的馬滅絕更早。原因還是個謎。有人認為這與美洲印第安人的過度捕撈有關。此後近19500年間，馬的發源地北美第壹次失去了存在，直到16世紀西班牙人再次將馬帶回美洲。在Discovery制作的壹個關於馬的節目中，有人說“當印度人第壹次看到西班牙人帶來的馬時，感覺就像久別重逢的老朋友”。
現代馬是由歐洲野馬馴養的。野馬已經滅絕了。現存的普氏野馬不是家養馬的祖先。馬的進化充滿艱難險阻。馬曾經那麽繁盛，前後進化了幾十個屬，但最後只有壹個屬，六七個種，存活至今。馬的興衰，其實就是奇數蹄動物的興衰，現代壹般都在衰落。
馬也可以用來產奶和肉。伊斯蘭法律禁止吃馬肉(回族、阿拉伯人、波斯人，土耳其人不吃)。公元732年，教皇格裏高利三世禁止基督徒吃馬肉，但後來也沒多大效果。現在法國人和意大利人吃馬肉，日本人認為馬肉是有營養的肉。二戰期間，美國允許肉店供應馬肉，以彌補牛肉的不足，但二戰後，在美國西部牧場主的壓力下，禁止供應馬肉。馬奶壹直是遊牧民族的食物，特別適合釀造“馬奶酒”。
隨著馬的使用功能的減弱，20世紀下半葉，許多國家培育各種小馬作為寵物或向導。現在經過幾千年的培育，馬的種類很多，從高達2米到只有0.56米，形態各異。
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