甘蔗黑穗病主要發生在華南、華中和西南蔗區。該病的發病率可高達50%甚至更高。甘蔗黑穗病不僅造成甘蔗產量損失，而且降低蔗糖含量，影響品質。甘蔗黑穗病主要危害甘蔗莖尖。侵染黑穗病後，甘蔗植株表現出淡綠色、葉片細長、分蘗增加、莖小芽增殖等癥狀。甘蔗黑穗病最明顯的特征是病蔗頂端向下卷曲有黑色鞭毛。鞭的中心是由薄壁組織或維管束組成的核心柱，周圍有壹層厚壁孢子。甘蔗受傷後，在病原菌的刺激下抽出壹根鞭毛。生長點長10～100cm，呈鉛筆狀。第壹次生長是白色的，外表面覆蓋著銀灰色的薄膜。後來，鞭毛變黑，膜破裂，散落黑色粉末，這就是細菌的厚垣孢子。粉末分散後，出現灰白色維管束纖維。
在適宜的環境條件下，受侵染的甘蔗植株在侵染2～4個月後開始形成黑穗病，侵染6～7個月後黑穗病長度達到高峰。甘蔗黑穗病生理小種不同。厚垣孢子萌發的溫度範圍為6～36℃，最適溫度為25～30℃。當土壤濕潤時，孢子能在48小時內完全萌發；在幹燥的土壤中，孢子可以存活幾個月到壹年。甘蔗黑粉病主要通過落在甘蔗芽鱗後的厚垣孢子越冬。發芽後可在土壤中越冬或在甘蔗芽中休眠。
甘蔗黑穗病的遠距離傳播主要是由受侵染的甘蔗種芽引起的。在田間，病菌通過氣流、雨水、昆蟲和在田間工作的人傳播到甘蔗芽翼或其他甘蔗植株的土壤中。病原菌有的在同壹年萌發，引起甘蔗側芽或分蘗病，有的休眠至第二年溫度適宜時。甘蔗品種對黑穗病的抗性差異顯著。在冬季幹旱條件下，病原菌的存活率和積累量較高；春季高溫多雨，有利於疾病的發生和傳播。再生年限越長，病害越嚴重。芽苗病害較全株輕。
黑穗病侵染較重，新甘蔗侵染較輕；加強田間管理，及時施肥和培土，增強抗病能力；種植新甘蔗時，用生石灰水浸種2小時左右，可有效防治黑穗病。結果表明，用熱水添加劑浸泡甘蔗具有良好的殺菌效果。該藥可按25%三唑酮濕性粉劑的500倍、50%氯硝胺濕性粉劑的500倍、80%濕性粉劑的500倍使用。甘蔗田發現黑穗時，應將黑穗用塑料袋包好並捆紮好，然後將黑穗剪掉，使黑粉不松粉而感染。見壹株處理，無滲漏，切掉黑刺燒掉。不要隨意拋擲和餵牛，避免隨風飛揚，繼發感染傳播。