甜菜種子植物的開花時間因各地氣候條件不同而略有不同。壹般6月上中旬開始開花，整個花期持續30 ~ 40天。然後隨著氣溫的降低，種子植物生長緩慢，開花數量日益減少，甚至每天只有花枝頂端零星的幾朵小花開放，壹般不能結果。
在整個開花過程中，每天開花的數量是不壹樣的。壹般在開花後5 ~ 7天達到高峰，此時日開花數最多，3天內開花可占總花數的50% ~ 70%，前期和後期日開花數較少。
壹天中，從早到晚，不同時間花的數量不壹。淩晨5點前的花很少，只有幾朵，第壹個開花高峰是早上6點到9點，幾乎全天總花數的50%都在這段時間開放。其次，第二高峰在中午11 ~ 12左右，可達全天總花數的15% ~ 20%。下午3點以後，花的數量就很少了。壹般第二個峰值不明顯。但在上午多雲，下午晴朗的情況下，第二個峰值更明顯，甚至比第壹個峰值還要好。在陰雨天氣，開花過程受到影響，每天開花數明顯減少。
就全株開花順序而言，靠近全株最上部的側枝先開，然後主莖自下而上，側枝自上而下逐漸向四周和向外移動(先上側枝，後下側枝)。壹般主莖上開5-7朵花，20-40小時後側枝開始開花。從每個側枝開始，自下而上，靠近主莖的先開，遠離主莖的後開。因此，整株植物的開花順序形成了由內向外、由中心向四周的螺旋運動。
根據這壹開花規律和花粉粒的成熟過程，在進行人工雜交和去雄時，應在異花授粉的第壹天掐取成熟未開裂的傳粉者花藥，第二天早晨放入帶幹燥器的培養皿中進行異花授粉；要去雄的母本植株也要在雜交前壹天在不傷害柱頭的情況下輕輕掐掉花藥，第二天早上套上牛皮紙袋進行人工授粉。壹個人工雜交組合應授粉1 ~ 2次。
為避免甜菜不同品系、不同類型間的異花授粉，導致種子和植株混雜，在采集多個不同品系或品種的種子時，應註意保持壹定的隔離距離。作為育種材料的壹小部分，來自同壹親本來源的不同單個品系之間的隔離距離較近，可以相距10m左右，用大紗布覆蓋，也可以種植在相距100 ~ 200 m的兩個農戶小區之間，單粒種子與多粒種子之間的隔離距離大於3km。二倍體和多倍體的隔離距離為1 ~ 2 km。
大面積采種時，上述距離應適當加大，視母根數量、面積和地形而定。空地之間，距離要遠；如果中間有樹木、房屋等高大障礙物作為天然屏障，隔離距離可以稍微近壹點。同壹類型不同品種之間或同壹品種不同親本之間的隔離距離為2 ~ 4 km。不同類型品種(多種子與單種子、雄性不育雜種與普通二倍體或多倍體品種)之間采種小區的隔離距離為5 ~ 8 km。甜菜與飼用甜菜或葉用甜菜品種的間距大於20公裏。