主要區別是，科目分類不同、形態特征不同、生活習性不同，具體如下：
壹、科目分類不同
1、波士頓龍蝦
波士頓龍蝦，別名美洲螯蝦，波士頓龍蝦，緬因龍蝦。屬十足目、海螯蝦科、螯龍蝦屬、美洲螯龍蝦種。
2、澳洲龍蝦
澳洲龍蝦，別名澳龍，屬十足目、龍蝦科、巖龍蝦屬、澳洲巖龍蝦種。
二、形態特征不同
1、波士頓龍蝦
體長從20 ~ 60 厘米不等，體重從 ?~ 4 公斤不等，體色為橄欖綠或綠褐色，橘色、紅褐色或黑色，有兩個碩大、肉質豐厚的前螯，其重量約占龍蝦體重的15%。第壹步足為壹對大螯，壹側的螯稍大於另壹側。體表光滑，觸角較細。
2、澳洲龍蝦
足齡的澳洲龍蝦重為100～250g，體色為鑲嵌褐綠色，頭胸部和腹 部均勻連接，外被壹層堅硬外殼；胸足5對，第1對特別發達而成強大的螯。外側端有壹膜鮮質紅帶，是雌雄分別的第2性征；有3對觸須，外緣的1對特別粗長，約長於體長的1/3；尾部有5片強大的尾扇，外綴3片，中部1片較小。
三、生活習性不同
1、波士頓龍蝦
波士頓龍蝦生活於淺海的巖礁中或在沙礫底挖孔生活。以魚類、其他小型甲殼類及貝類為食，偶爾也會吃海中植物。天敵則有鱈魚、比目魚和其他龍蝦等。波士頓龍蝦只能在脫殼後的短暫時間進行交配。在幼年時壹年約脫殼2 ~ 3 次，成年後 (4 ~ 7歲) 壹年約脫殼壹次。由於生活在600~700米以下的寒冷海域，波士頓龍蝦離水後生存期很短，並且生長特別緩慢。
2、澳洲龍蝦
晝伏夜出，白天藏匿洞中，僅顯露兩對觸角和頭部用以感觸洞外動向，夜間外出覓食。主要攝食小魚、蝦蟹類、小貝類、海膽、藤壺、多毛類、藻類等。龍蝦依靠步足爬行，不喜遊泳，行動遲緩。觸角靈敏，遇敵時轉動第二觸角摩擦發音器發出吱吱聲響以驚嚇對方。受驚時常屈腹彈跳，引體向後。喜廝鬥，常以俯沖方式攻擊對方，有群棲習性，蝦群區域性明顯，常因季節水溫變化和索餌、生殖等因素發生遷移，通常夏季棲於淺水處，秋冬移向較深海區，繁殖時復又到淺海處。
以上內容參考?百度百科-波士頓龍蝦、百度百科-澳洲龍蝦