根據批復，近期將開工18項目。其中，深惠城際前海保稅區至惠城南段(含大鵬支線)、深圳機場至大亞灣城際深圳機場至坪山段、廣深城際南延線、塘廈至龍崗城際、常平至龍華城際等5條城際線路經過深圳，通往大灣區其他城市，總裏程343公裏，總投資654.38+0829億元。
2022年前將啟動6個城際鐵路項目。
批復提出，構建大灣區主要城市間1小時通達、廣東主要城市與內陸城市間2小時通達、主要城市與周邊省會城市間3小時通達的交通圈，打造“軌道上的大灣區”，完善現代綜合交通體系。
在不久的將來，到2025年，大灣區鐵路網運營建設裏程將達到4700公裏，覆蓋大灣區中心城市、節點城市和廣深等重點都市圈。未來，到2035年，大灣區鐵路網將達到5700公裏，覆蓋1.000%的縣級以上城市。
計劃建設13城際鐵路和5個樞紐工程，總裏程約775公裏。其中，2022年前開工深圳機場至大亞灣城際深圳機場至坪山段等6個城際鐵路項目和3個樞紐項目；相關建設條件落實後，將有序推進塘廈至龍崗、昌平至龍華等7個城際鐵路項目和2個樞紐項目的實施。
深圳樞紐布局“三主四輔”
批復稱，粵港澳大灣區城際鐵路通過樞紐換乘與高鐵、幹線鐵路互聯互通，在樞紐站與都市圈(郊區)鐵路、城市軌道交通銜接。
在客運樞紐總體布局方面，將建設層次清晰、分工合理、銜接高效的粵港澳大灣區鐵路客運樞紐體系，促進對外交通、城際交通和城市交通的便捷銜接和換乘。深圳樞紐布局以深圳北、西麗、深圳站為主，深圳東、福田、深圳機場、深圳坪山站為輔。
在港口連接方面，深圳和香港特別行政區最近通過現有的京九鐵路和廣深港高鐵實現了互聯互通。