①有些草藥含有天然致癌物質。
比如流行於中國、日本、歐洲的治療咳嗽、支氣管炎的名藥款冬花，其花、葉、根中含有致癌成分，大量長期服用會導致肝癌。肝癌是臺灣省第壹大癌癥，病因不明。然而，臺灣省居民酗酒、服用補品和吸煙成癮，這些都是可能的原因。煙酒共存易患肝癌。如果加上款冬花之類的草藥，肝細胞就不容易存活了。草藥的致癌毒性是慢性的，幾十年後才會形成癌癥。中醫的草藥戶籍上說款冬花是無毒的草藥。目前只有西醫有能力檢測草藥中的致癌成分。
(2)很多草藥除了含有能治病的有效成分外，還含有天然毒素。
壹名患者喝了壹杯利尿藥“商陸”，被送往醫院急救。“商陸根”含有損害胃腸道、中樞神經系統和心臟的毒素，可致人死亡。含有天然毒素的中藥很多，都是通過加熱炮制去除部分毒性，過度炮制而失去藥效；如果加熱不足，毒素還會存在。為安全起見，此類草藥應慎用或遵醫囑服用。
③許多中草藥往往含有過量的重金屬。
許多草藥含有重金屬，如鉛、砷和汞，這些都來自被汙染的土壤。有進補習慣的人，要吃點藥材，化驗壹下。只有未被汙染的藥材才適合進補。
(4)某些草藥可使胸腺萎縮。
胸腺是壹種腺體，它產生免疫細胞來殺死癌細胞和入侵人體的細菌、黴菌和病毒。胸腺細胞早就隨著時間的推移逐漸死亡，無法再生，所以人體的免疫力隨著年齡的增長而下降。但被視為護肝良藥的“柴胡”和護膚美容聖品“薏苡”，會使胸腺萎縮得更快，使胸腺萎縮的草藥有兩種以上。
⑤孕婦服用草藥可能會生出畸形的孩子。
藥物使胎兒變形的毒性稱為致畸。有很多西醫文獻檢驗某壹種西藥是否有致畸作用，而草藥沒有。總之，服用中草藥的基本原則是趨吉避兇，很多不知名的草藥不宜作為補藥。