1，不同物種
茯苓:茯苓是壹種真菌，屬於寄生真菌，經常寄生在松樹根部。這種真菌的幹燥的菌核被用於傳統的中藥。
土茯苓:土茯苓為多年生常綠攀援灌木，根部有粗大的根莖，是土茯苓入藥的主要部位。
2、成分不同
茯苓:熱量、硫胺素、鈣、蛋白質、核黃素、鎂、脂肪、煙酸、鐵、碳水化合物、維生素C、錳、膳食纖維、維生素E、鋅、維生素A、膽固醇、銅、胡蘿蔔素、鉀、磷、視黃醇、鈉、硒。
土茯苓:根莖中含有皂苷、鞣質、樹脂、落新婦苷、異黃芪甲苷、琥珀酸、胡蘿蔔素、棕櫚酸、β-谷甾醇、生物堿、揮發油、糖、甾醇、澱粉等。
3.不同的效果
茯苓:味甘、淡、平。心、肺、脾、腎經。利水滲濕，健脾寧心。可用於水腫、少尿、痰飲頭暈、脾虛食少、便溏腹瀉、焦慮、心悸、失眠。
土茯苓:味甘、淡、平。入肝、胃經。排毒、除濕、關節通順。梅毒、汞中毒引起的肢體攣縮、肌肉疼痛、濕熱絞痛、帶下、癰腫、淋巴結核、疥瘡。
4.不同的釀造方法
茯苓:取茯苓，浸泡，洗凈，濕潤，微蒸，及時去皮，切成片或厚片，曬幹。成品為白色。
土茯苓:如果不是切片，浸泡，清洗，充分濕潤，切片，幹燥。切面為白色至紅棕色，粉狀，具點狀維管束和多數小亮點。
5、吃法沒必要
茯苓:茯苓含有大量的茯苓多糖、蛋白質和氨基酸，所以茯苓常被制成茯苓糕、茯苓酥、茯苓酒等食品。
土茯苓:土茯苓常用作中藥，很少用於食用，因為土茯苓有藥味，嚴重影響食用價值。吃法僅限於需要中藥氣味的菜肴，如土茯苓燉甲魚。
6、茯苓的飲食保健
茯苓含有茯苓多糖、葡萄糖、蛋白質、氨基酸、有機酸、脂肪、卵磷脂、腺嘌呤、膽堿、麥角固醇、多種酶和鉀鹽。能增強機體免疫功能，茯苓多糖有明顯的抗腫瘤作用；有利尿作用，可增加尿液中鉀、鈉、氯等電解質的排泄；具有鎮靜、保肝、抑制潰瘍發生、降血糖和抗輻射的作用。茯苓還用作茯苓餅、茯苓酥、茯苓酒。有些國家把茯苓作為海軍常用的藥品和滋補品的原料。茯苓可作為高溫地區和場所的重要食療品種。經常食用可以健脾祛濕，幫助消化，強身健體。