中國科學院南京地理與湖泊研究所位於古都南京的玄武湖畔。前身為中國地理研究所，1940年8月成立於重慶北碚，是中國地理學的搖籃。1988 1更名為中國科學院南京地理與湖泊研究所。
我院是全國唯壹以湖盆系統為研究對象的綜合性研究機構。擁有湖泊與環境國家重點實驗室、中國科學院流域地理學重點實驗室、中國科學院湖泊環境治理與生態修復工程實驗室、湖泊生態與環境工程研究中心、區域發展與規劃研究中心、湖泊野外觀測與數據中心(含太湖生態系統國家野外觀測研究站、鄱陽湖濕地綜合研究站、 撫仙湖高原深水湖泊研究站和中國湖泊流域數據中心創新研究平臺引領著中國湖泊科學發展方向，在長江中下遊和東南沿海資源、環境和區域發展研究中具有無可比擬的綜合優勢和特色，在國際上具有重要影響。
目前，南京地理與湖泊研究所承擔了60多項國家重大項目、國家R&D計劃重點項目、基礎科技資源調查、第二次青藏科考項目、創新研究群體和國家自然科學基金重點項目、中科院試點A類和重點部署項目。
我院現有員工250余人，其中研究員50余人，副研究員、高級工程師80余人，博士生導師、碩士生導師40余人。擁有地理學博士後流動站1個，地理學、環境科學與工程2個壹級學科博士培養中心，自然地理學、人文地理學、地圖學與地理信息系統、環境科學4個博士學位授予中心，自然地理學、人文地理學、地圖學與地理信息系統、環境科學4個碩士學位授予中心，資源與環境(環境工程、城市與區域規劃)工程碩士全日制專業學位培養中心。這是壹個培訓湖沼學和區域規劃的地方。2017地理、環境科學與工程在教育部第四輪學科評估中獲A+。
在辦學條件方面，作為壹所具有80年歷史的國家級研究所，我院在辦公條件、科研儀器設備、野外觀測手段、圖書資料、生活後勤等方面形成了強有力的保障體系。，並且在科研經費上也有很強的實力，在生活上享有完整的助學金體系，保證研究生順利完成學業。
2021年，中國科學院南京地理與湖泊研究所計劃招收自然地理、人文地理、地圖學與地理信息系統、環境科學等專業的學術型碩士研究生，以及資源與環境(環境工程、城市與區域規劃)專業的工程類碩士研究生。
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