1，營養受損
轉基因食品中主要營養素、微量營養素和抗營養因子的變化會降低食品的營養價值，使其營養結構失衡。科學家認為，外源基因會以人們尚不知道的方式破壞食物中的營養成分。
2、或不安全
無長期安全性測試:轉基因食品改變了我們所吃食物的自然屬性。它使用的生物物質不是人類食品安全提供的部分。沒有經過長期的安全測試，誰也不知道這種食品是否安全。
3.嗜酸性肌痛
Mayeno，A.N等(1994)報道發生了壹種新的不明原因的疾病，主要表現為嗜酸性肌痛。臨床表現包括癱瘓、神經問題、疼痛腫脹、皮膚瘙癢、心臟問題、記憶缺失、頭痛、光敏感和消瘦(Brenneman，D.E .等人，1993；愛，L.A等，1993)。後來發現是由壹家日本公司誕生的基因工程細菌產生的色氨酸引起的。三個月後，食者生病，導致37人死亡，1，500人部分癱瘓，5000多人偶爾虛弱。據測定，0.1%的含量可致死人體。
4.腸胃問題
最令人擔憂的是，插入轉基因大豆的基因被轉移到生活在我們腸道中的細菌的DNA中，並繼續發揮作用。這意味著吃了Bt玉米導致的玉米片，會把我們的腸道細菌變成活的農藥工廠，可能壹直到我們死。在過去的十年裏，美國人的腸胃問題急劇增加。這壹大幅增長主要歸因於醫生食用轉基因食品。最嚴重的問題還不止於此。
5.厭惡
在轉基因操作中，含有從細菌中提取的基因的食物可能會導致過敏現象的擴大，使人產生過敏反應，特別是對兒童、孕婦和過敏體質的成人。比如科學家在大豆、小麥、貝類的基因中加入了玉米的某種基因，蛋白質也隨基因壹起加入，那麽以前對玉米過敏的人可能對這些大豆、小麥、貝類過敏。
6.心腦血管疾病
這些轉基因大豆被它們的生物學家植入了飽和脂肪基因。這些基因導致轉基因大豆產生大豆油，進入人體後會形成大量飽和脂肪，增加血液的血液粘度，為脂肪肝、高血脂、腦血栓等重大心腦血管疾病埋下慢性定時炸彈。
7.引發新的疾病
轉基因技術利用抗生素抗性基因來識別轉基因作物，也就是說作物具有抗生素抗性基因。這些基因通過細菌影響我們。英國的研究表明，轉基因作物中的突變基因可能會進入生物體內，其結果可能會導致新的疾病。如果類似的結果發生在人類和動物身上，就有可能培育出抗生素無法殺死的最強大的超級細菌。