臨床上發現有卵巢囊腫，但是沒有任何癥狀，醫生通常會對患者進行觀察，如果囊腫自行消失則不需治療；體積較小者，醫生可能給予藥物治療；如果囊腫持續存在或增大、有惡變的風險（如絕經後婦女出現卵巢囊腫）、或發生破裂、扭轉時，需手術治療。
急性期治療當卵巢囊腫破裂或出現蒂扭轉等急腹癥時，應急診手術治療。壹般治療患者沒有自覺癥狀，超聲提示囊腫較小、其內充滿液體，醫生可能會讓其觀察等待，看囊腫在幾個月內是否會自行消失。同時，醫生會建議定期做超聲檢查，檢測囊腫體積是否改變。藥物治療尚無手術指征的囊腫，可采取中西藥物保守治療，具體根據囊腫性質決定。
如為內膜樣囊腫，可口服短效避孕藥；如懷疑為炎癥性囊腫可口服抗生素或中藥活血化瘀。手術治療適應證囊腫體積大，直徑≥5cm；觀察3~6個月，囊腫持續存在；囊腫生長較快；卵巢囊腫破裂或蒂扭轉引起急腹癥癥狀；絕經後婦女出現的卵巢囊腫。
常用的手術方法包括卵巢囊腫剝除術（僅切除囊腫，保留卵巢）、患側卵巢切除術、全子宮切除術或附件切除術（如果囊腫癌變，可能需要切除子宮、卵巢和輸卵管，同時切除卵巢和輸卵管被稱為附件切除術，術後可能需要配合放、化療）。
手術方式主要有開腹手術或腹腔鏡手術。開腹手術主要針對可能癌變的囊腫，醫生會在腹部做壹個大的切口。而腹腔鏡手術適用於比較小的囊腫，醫生會在患者肚臍上面或下面切開壹個小口，然後將帶有攝像頭的腹腔鏡插入腹部，可以幫助觀察腹部情況。中醫治療按照中醫理論，卵巢囊腫造成女性氣血失調，辯證上可分為氣、血、津液三種類型，盡管現在對其分型有所不同，但均圍繞其病機分型，治療上建議從“氣滯”、“痰濕”、“血瘀”、“濕熱毒邪”等方面入手。
氣滯血瘀型：治以疏肝理氣、活血化瘀、軟堅散結，方用膈下逐瘀湯加減。痰濕壅盛型：治以行氣化痰、散結消壅，方用蒼附導痰丸加減。
濕熱淤結型：治以清熱解毒，軟堅散結，方用銀甲丸加減。此外，還有針灸（常用溫針灸）、理療、中藥灌腸等中醫治療方法可有壹定效果，須在正規醫療機構中在醫生指導下進行。