魚粉的加工大部分是通過煮、壓、幹、磨、包裝來完成的。魚粉加工原理相對簡單，但由於原料新鮮程度、加工工藝設備、加工經驗不同，生產出來的魚粉質量差別很大。魚煮熟後，蛋白質凝固，大量的水和油跑出來。煮好的魚被送到穿孔的管子裏進行擠壓，混合了油和水的魚汁會被擠壓出來，剩下結塊的魚從壓縮機後面出來。油水混合的魚汁經過油水分離，產生魚油和魚水。魚水會通過管道回到機器裏，加入到結塊的魚中，但會被烘幹，做成全魚粉。魚粉幹燥可分為兩種方式:直接火幹燥和間接幹燥。直火幹燥對魚粉的品質影響很大，所以現在采用蒸汽間接或低溫真空幹燥。最後將風幹的大魚骨磨成粉，加入魚粉包裝。
2.低溫蒸汽幹燥
高品質魚粉加工的三個嚴格要求:魚肉新鮮度、低溫快速幹燥、包裝前冷卻。
魚的新鮮度:捕魚船隊擁有現代化的冷卻系統，確保魚的新鮮度。可以在最短的時間內使用龐大先進的生產設備，
能快速大量將魚制成魚粉。
快速低溫幹燥工藝(兩段幹燥法):第壹段是蒸汽幹燥。由於蒸汽系統在低壓下運行，其工作溫度比所謂的洗碗機低30攝氏度，有效保持了魚粉的高消化率。第二階段采用間接熱風幹燥系統，使魚粉質量領先於其他魚粉廠。
蛋白質的氨基酸結構在高溫下會發生變化。在實際應用中，魚粉的消化率會降低。在傳統工藝中，在幹燥的最後壹步，沒有足夠的濕度來保護蛋白質。
所以加熱會導致溫度繼續升高，蛋白質會被焦化破壞。為了避免破壞蛋白質，
在生產過程中，采用兩級間接熱風幹燥法代替壹般的傳統直火幹燥系統。這是保持魚粉高消化率的關鍵點。在家禽、三文魚、水貂、蝦的飼養中已經證明，使用同樣的新鮮原料，比壹般傳統蒸汽幹燥系統生產的魚粉在體內消化率提高2%。