酸奶的生產過程可以概括為配料、預熱、均質、殺菌、冷卻、接種、(灌裝:針對凝固型酸奶)、發酵、冷卻、(攪拌:針對攪拌型酸奶)、包裝、後熟。變性澱粉在配料階段加入，其應用效果與過程控制密切相關:
配料:根據物料平衡表選擇所需原料，如鮮奶、糖、穩定劑等。改性澱粉可以單獨加入或在與其它食用膠幹混後加入。考慮到澱粉和食用膠多為高親水性聚合物，最好與適量的糖混合，在高速攪拌下溶於熱牛奶(55℃ ~ 65℃，具體溫度取決於變性澱粉的說明)中，以提高其分散性。
預熱:預熱的目的是提高下壹道工序——均質的效率，預熱溫度應不高於澱粉的糊化溫度(避免澱粉糊化後在均質過程中顆粒結構被破壞)。
均質:均質是指對乳脂肪球進行機械處理，使其以更小的脂肪球形式均勻分散在乳中。在均化階段，材料受到三種力的作用:剪切、碰撞和空化。變性澱粉澱粉由於交聯後具有很強的機械抗剪切能力，可以保持完整的顆粒結構，有利於保持酸奶的粘度和體態。
殺菌:壹般采用巴氏殺菌，乳品廠壹般采用95℃、300S的殺菌工藝。在這個階段，變性澱粉充分膨脹糊化，形成粘性。
冷卻、接種、發酵:變性澱粉是壹種高分子物質，與原澱粉相比，仍然保留了原澱粉的壹些性質，即多糖的性質。在酸奶的pH環境下，澱粉不會被細菌降解，所以可以維持體系的穩定性。當發酵體系的pH值下降到酪蛋白的等電點時，酪蛋白變性固化，酪蛋白膠束與水相連的三維網絡體系的骨架變成凝乳狀。此時糊化澱粉可以填充骨架，束縛自由水，維持體系的穩定。
冷卻、攪拌、後熟:攪拌酸奶冷卻的目的是快速抑制微生物的生長和酶的活性，主要是防止發酵時產酸過多和攪拌時脫水。變性澱粉原料來源多，變性程度不同，不同的變性澱粉在酸奶生產中的作用也不同。因此，可以根據對酸奶品質的不同要求，提供相應的變性澱粉。