黴菌毒素引起的免疫抑制常表現為T淋巴細胞或B淋巴細胞的活動減弱，免疫球蛋白和抗體產生量降低，補體和幹擾素的活動減弱，巨噬細胞效應器的功能受損。雖然黴菌毒素引起免疫抑制的機制還不十分明確，但是壹些黴菌毒素引起免疫抑制表現還是非常明確的，如通過不同機制直接或間接抑制DNA、RNA和蛋白質的合成。
危害胃腸道免疫功能
嘔吐毒素是壹種由鐮刀菌屬產生的單端孢黴烯族黴菌毒素。在家畜中，豬對嘔吐毒素最為敏感，表現為采食量下降和增重降低。同時嘔吐毒素也會增加機體對傳染性病毒的易感性。黴菌毒素引起的經濟損失雖無法精確的計算，但是美國食品及藥物管理局估算平均每年由黃曲黴毒素、伏馬毒素和嘔吐毒素引起的經濟損失為9.32億美元。
腸道黏膜屏障可抵禦外來物質進入機體，如食物蛋白質、藥物、毒素、微生物和病菌。經口腔攝入的嘔吐毒素會最先暴露在胃腸道內，攻擊腸道的上皮細胞。嘔吐毒素會影響機體的黏膜免疫(包括先天免疫和適應性免疫)。而先天免疫系統的重要組成部分為腸道上皮細胞，腸道上皮細胞通過細胞之間的緊密連接和杯狀細胞分泌的粘液來起到免疫作用。研究表明，嘔吐毒素能通過增加腸道上皮細胞之間的通透性，影響豬腸道細胞的活力和增殖性能。壹些黴菌毒素還能調節細胞因子的產生，如嘔吐毒素可增加腸上皮細胞TGF-β和IFN-γ的表達量。在細胞水平上，嘔吐毒素的主要毒性表現為阻斷DNA和RNA的合成，進而抑制蛋白質合成。嘔吐毒素會影響細胞分裂，如腸道內層細胞。應該註意的是嘔吐毒素還會引起壹些胃腸道細胞雕亡，如在腸道黏膜、腸道顆粒上皮細胞和腸道隱窩上皮細胞。
病毒毒性增效作用
伏馬毒素和嘔吐毒素會對腸道清除呼腸弧病毒產生負面影響。2006年的研究表明，測定糞便中該病毒數量（澳靈動物健康現場監護箱），表明黴菌毒素抑制了腸道清除病毒的能力，即嘔吐毒素和T-2毒素可抑制機體對呼腸弧病毒的免疫應答反應。單端孢黴烯族毒素的釋放會增加腸道病毒的運載量，從而在感染過程中增強機體的炎癥反應和不適性。而通過糞便排出的病毒會增加病毒在群體裏的傳播。