慢性咽炎的治療是去除病因，戒煙戒酒，積極治療引起慢性咽炎的原發病(急性咽炎，慢性鼻鼻咽炎癥，反流性胃食管疾病，改善工作生活環境)。
生活方式的改變、適當的體育鍛煉、正常的作息、清淡的飲食和良好的精神狀態可以通過增強其整體免疫功能來改善咽部黏膜的局部功能狀態。
局部治療(1)慢性單純性咽炎壹般用復方硼砂和呋喃西林溶液漱口，保持口腔和咽部清潔。或用於治療咽部慢性炎癥的含碘片、薄荷片等的咽喉片；中藥制劑對慢性咽炎也有壹定療效；局部可用復方碘甘油、5%硝酸銀溶液或10%弱蛋白銀溶液塗於咽部，有收斂消炎作用。超聲波霧化可以緩解慢性咽炎的癥狀；壹般不需要抗生素治療。(2)慢性肥厚性咽炎很難治療，可以參考慢性單純性咽炎。除上述方法外，咽後壁隆起的淋巴濾泡也可采用化學藥物或電凝、冷凍或激光治療。常用20%硝酸銀或鉻酸溶液作為化學藥物燒灼肥大的淋巴濾泡。電凝法目前很少使用，因為它有很多副作用。激光或射頻治療儀常用於治療咽後壁的淋巴濾泡。淋巴濾泡的上述處理可能會增加粘膜疤痕，並可能加重癥狀。此外，超聲霧化療法、局部紫外線照射、透熱療法對肥厚性咽炎也有輔助作用。
(3)萎縮性、幹性咽炎壹般按慢性單純性咽炎處理，但不允許燒灼。可服用小劑量碘或局部應用於咽部，促進粘膜上皮分泌；超聲波霧化治療也可以緩解幹燥的癥狀。服用維生素A、B2、C和E可以促進咽部粘膜上皮組織的生長。對於幹燥性咽炎患者，在考慮扁桃體切除術時要慎重，以免術後加重病情。(4)慢性過敏性咽炎應避免接觸壹切可能的過敏原，使用抗組胺藥或肥大細胞穩定劑，短期內局部或全身使用糖皮質激素和免疫調節劑。(5)對於慢性反流性咽炎，應避免食用促進胃酸分泌的食物，如巧克力、辛辣食物等，以減少咽喉反流，減輕對咽部黏膜的刺激；睡前3-4小時控制食量。在壹般治療慢性咽炎的基礎上，可采用胃酸抑制劑和胃粘膜保護劑聯合治療，同時積極治療胃病。
慢性咽炎的藥物治療屬於中醫“喉炎”範疇。中醫辯證理論認為，咽部慢性充血的特點是虛火，咽幹痛是津液不足所致，咽部異物感是痰阻或痰氣積聚所致。治療常采用“養陰清熱理氣，養陰降火除熱”的原則。常用藥物如慢咽舒寧後卿利咽顆粒，服用胖大海、青果清熱養肺、生津利咽；用竹茹、橘皮、枳殼，理氣化痰，散結；用沈香降氣和中，清胸化痰熱。全方清熱利咽，寬胸潤喉。對咽幹、癢、痛、異物感、咳嗽有極好的效果。