1、形成的方式不同
無籽西瓜是通過雜交育種形成三倍體的種子，種植後是得到無籽西瓜。無籽番茄是正常的番茄通過套袋使其不能受精而無籽，是通過塗抹生長素使其生長形成的。
2、無籽的原因不同
無籽西瓜是因為聯會紊亂而不能形成生殖細胞，所以沒有種子。無籽番茄則是因為沒有進行受精，所以沒有種子。
擴展資料：
三倍體無籽西瓜培育的原理：
采用人工誘導多倍體的方法。如用秋水仙素（壹種植物堿，含有劇毒）處理二倍體西瓜的種子或幼苗，使其在細胞分裂的中期，阻礙紡錘絲和初生壁的生成，使已經復制的染色體組不能分向兩極，並在中間形成次生壁。結果就形成了染色體組加倍的細胞，使普通二倍體西瓜染色體組加倍而得到四倍體西瓜植株。
然後與二倍體西瓜植株 （作為父本）雜交，從而得到三倍體種子，三倍體的種子發育成的三倍體植株。再用普通西瓜二倍體的成熟花粉刺激三倍體植株花的子房而成為三倍體果實，因其胚珠不能發育成種子，因而稱為三倍體無籽西瓜。
百度百科-無籽西瓜