在電影《美國隊長》《美國隊長2》裏出現，神盾局許多人員是九頭蛇，如交叉骨、亞歷山大·皮爾斯（前神盾局長）、希特維爾（皮爾斯的助手），他們都是邪惡的九頭蛇軍團壹員。九頭蛇將巴基（冬日戰士）洗腦，命令巴基追殺美國隊長，皮爾斯命令神盾局人員追殺美國隊長。而希特維爾因為背叛九頭蛇而被冬日戰士懲罰。九頭蛇控制神盾局3架航母，並試圖消滅所有對九頭蛇可能造成威脅的目標（包括鋼鐵俠等超級英雄)。但在發射前不小心被美國隊長和獵鷹奪取航母控制權，並毀壞了航母。後交叉骨與獵鷹決鬥被失控的航母造成的大火燒傷導致毀容了，皮爾斯在攻擊黑寡婦時被被尼克·弗瑞槍殺，死前高喊著“Hail Hydra”。而在《美國隊長2》的彩蛋中九頭蛇負責人斯崔克公爵成功拿到了洛基的權杖。
九頭蛇組織徹底暴露，但是成功迫使神盾局轉入(其實是從神盾局掠奪了壹大批人力物力資源之後,徹底獨立公開了九頭蛇，並且使神盾局解體。並開始公開爭奪世界統治權)，原來邪惡的九頭蛇們自二戰之後就壹直藏在神盾局之中，借著神盾局之手在世界各地制造恐慌和動亂，逼迫人們放棄自由以換取安全 。並使得九頭蛇得到了洛基的權杖。