玉米棒子不是壹個整體，每個玉米粒都是壹個個體，它們的基因型不同，可能導致每個玉米的顏色不同。當然，如果雙親都是純黃的，那也沒什麽好說的，但如果是雜合的，就可能出現這種“花”玉米芯。導致這些玉米呈現顏色的確實是色素，但這是玉米自身產生的。
以紫色為例，玉米中紫色素的合成是壹個復雜的過程，前體需要在三種酶的作用下依次形成無色、紅色和紫色色素。這樣，如果有/沒有這三種酶的親本雜交壹次，後代的分離就會產生無色、紅色和紫色的種子——前提是不能合成其他色素。
其實玉米可以合成不止壹種色素(不然我們哪裏吃黃玉米)，所以把多種色素混合起來形成各種奇妙的顏色是完全沒有壓力的。
轉基因技術的理論基礎來自於進化衍生的分子生物學。基因片段的來源可以是提取特定生物基因組所需的目的基因，也可以是人工合成的具有特定序列的DNA片段。將DNA片段轉入特定生物體內，與自身基因組重組，然後從重組體中人工選擇世代，從而獲得特定遺傳性狀表現穩定的個體。這項技術可以增加重組生物預期的新性狀，培育新品種。彩色玉米是玉米改良品種的雜交種，所以彩色玉米不是轉基因的。