男性患者好發於包皮系帶、冠狀溝、包皮、尿道、陰莖、肛周、陰囊。尖銳濕疣早期癥狀為淡紅色或汙紅色粟粒狀贅生物，質軟，頂端略尖，逐漸生長或增大。它可以發展成乳頭狀或囊狀，底部稍寬或呈帶狀，表面有顆粒。常長在肛門內，形似菜花，表面潮濕或出血。顆粒間常有膿液，散發惡臭，搔抓後可感染。
尖銳濕疣的早期癥狀是位於濕度低的幹燥部位的生殖器疣，損害往往較小，呈扁平疣樣。位於濕熱部位的疣常呈絲狀或乳頭狀瘤狀，容易融合成大塊。嚴重肝病患者可能有增大的尖銳濕疣。懷孕可使尖銳濕疣復發或生長加快。
大多數患者壹般沒有尖銳濕疣的早期癥狀。損壞的大小和形狀各不相同。可以只有幾根，也可以和大多數針壹樣大:可以在外陰和肛門長成壹個大的瘤樣物體，有壓迫感；有難聞的氣味；有時小濕疣可引起陰部瘙癢不適，患者可出現血尿、排尿困難；直腸內的尖銳濕疣可引起疼痛和便血，而直腸內較大的尖銳濕疣可引起尖銳濕疣急性感覺後的早期癥狀。