日本古書《河漢三才子會》記載:‘納豆自秦漢始制。’起源於中國的豆豉，在日本曾被稱為“豆豉”，平城井出土的木簡中也有“豆豉”二字。
豆豉是在寺院的寺院中制作，存放在大桶中，再由禪僧從秦漢時期傳到日本寺院，所以納豆最早是在寺院中發展起來的，也叫“湯納豆”或“鹹納豆”。後來根據當地環境開發了納豆，比如日本用醬油代替豆豉，或者用醬油代替豆豉。
營養成分
納豆含有大豆的全部營養成分和發酵後添加的特殊營養成分，包括皂甙、異黃酮、不飽和脂肪酸、卵磷脂、葉酸、食用纖維、鈣、鐵、鉀、維生素、多種氨基酸和礦物質，適合長期食用和養生。
據日本醫學家和生理學家介紹，大豆的蛋白質是不溶的，但制成納豆後就變得可溶，並產生氨基酸，而原料中不存在的各種酶會被納豆菌和相關細菌產生，有助於胃中的消化吸收。
納豆的成分為:水分61.8%，粗蛋白19.26%，粗脂肪8.17%，碳水化合物6.09%，粗纖維2.2%，灰分1.86%。作為壹種植物性食物，它的粗蛋白和脂肪含量最高。納豆是壹種高蛋白的營養食品。納豆中所含的酶，食用後可消除體內部分膽固醇，分解酸化脂質，使異常血壓恢復正常。