扁桃體炎主要由溶血性鏈球菌引起，其毒素復合體容易侵入心臟瓣膜，引起風濕性心臟病。所以反復扁桃體炎對人體危害極大。
扁桃體是咽腔的結構，占據了咽腔的空間，咽腔已經很窄了。睡覺時扁桃體下垂，更容易塌陷，呼吸道更狹窄。所以扁桃體腫大的患者會出現睡眠缺氧的情況，對全身各個器官都會造成損害。這種損害根據缺氧的時間長短和程度，可能引起高血壓、糖尿病、心律失常、冠心病、腦梗塞和心肌梗塞。男性可明顯表現為性功能障礙和性欲下降，女性則表現為內分泌失調。
因為很多患者不能清楚的認識到扁桃體炎和扁桃體肥大的危害，所以很多人不願意做扁桃體切除術。人體的很多系統都參與免疫，不僅僅是扁桃體。扁桃體作為免疫器官，隨著年齡的增長會逐漸退化萎縮，整體會萎縮。但是2歲到12歲的孩子可能會腦萎縮，打鼾，影響身體和智力發育。扁桃體萎縮時，會影響他們的身體和智力發育，造成不可挽回的終身遺憾，後期無法彌補。