因為蘑菇是幹品，吃之前壹定要泡幹凈。蘑菇的浸泡和清洗方法要註意，否則會降低蘑菇的營養價值和食用風味。蘑菇不宜用冷水浸泡，因為蘑菇中含有核酸分解酶。只有在80℃的熱水中浸泡，這種酶才能催化蘑菇中的核糖核酸，分解出具有蘑菇特有風味的5-尿苷酸。如果用冷水或開水浸泡，或者浸泡時間過長，蘑菇的鮮香口感會大打折扣。當菇體完全浸泡軟化後，即可終止浸泡。當然，在泡蘑菇的過程中，會有壹些鮮味物質溶於水中。只要浸泡的水沈澱或過濾，還是可以放入蘑菇湯或煮熟的蔬菜中。
至於清洗蘑菇，也要講究方法。當蘑菇泡透變軟後，用手或筷子向同壹個方向攪拌，蘑菇表面的汙垢和藏在蘑菇褶皺裏的泥沙會在攪拌碰撞中落入水中。如果用手反復抓洗蘑菇或來回攪拌，壹是容易破壞蘑菇的外觀，二是會損失營養成分，三是已經落入水中的沈澱物在用手抓洗或來回攪拌後，很容易隱藏回蘑菇褶皺中。
蘑菇不宜存放過久，尤其要註意防潮。壹旦潮濕，菇體容易蟲蛀變質。存放時不要與生的有腥味的食物或化學藥品混放，因為吸收異味後不能食用。