金針菇的根發達，肉質根是主要的食用器官。肉質根的形狀和成熟時間因品種而異。肉質根的形態和成熟時間因品種而異。肉質根通常為球形、扁球形、卵形、紡錘形、圓錐形等。扁圓形是最好的。根皮呈深紫色，肉呈亮紫色，似火焰。頸短，葉互生，葉柄長而厚，葉寬，長橢圓形或近三角形，多帶紅色，很少深綠色，葉柄和葉脈呈紫色。圓錐花序，完全開花，有白色的花。果實彼此相連，呈球形，外面有壹層硬殼，裏面有幾粒種子。種子小，棕色，腎形。地上葉柄和地下肉質根可作為蔬菜。
金針菇是二年生草本植物，根系直。第壹年主要營養生長，形成肥厚肉質根。第二年早春，低溫即可度過春化階段。如果生長季節滿足日照長、溫度適宜的要求，就會逐漸從營養生長轉向生殖生長，產地在我國沿海地區。
金針菇適應性強，耐寒耐熱，但以寒冷氣候最好。在冷季栽培時，生產的肉質根含糖量高，肉色好，品質好，適口性強。炎熱季節栽培，肉質根內部會出現白色環紋，肉色不好，品質差。