1，不同的產權關系
加盟是獨立主體之間的契約關系，各加盟店的資本相互獨立，與總部不存在資產紐帶；直營連鎖店歸同壹資本所有，每個連鎖店歸總部所有，直接經營，集中管理。
2.不同的法律關系。
特許經營鏈中特許人與受許人之間的關系是壹種契約關系。雙方通過訂立特許經營合同建立關系，通過合同明確各自的權利和義務。直營連鎖店總部與分店的關系由內部管理制度調整。
3.不同的管理模式
特許經營鏈的核心是特許經營權的轉讓，特許人是轉讓方，受許人是接受方。特許經營體系是通過特許人和受許人簽訂特許經營合同而形成的。在直營連鎖經營中，總公司擁有各分店的所有權，有權決定分店經營中的壹切具體事宜。
4.涉及不同的業務領域
直營連鎖的範圍壹般僅限於商業和服務業，而特許連鎖(加盟連鎖)的範圍要廣得多，除商業、零售、服務業、餐飲業、制造業、高科技信息業外，還廣泛應用於制造業。
5.不同的商業模式
直營店有兩種模式，壹種是轉讓店直銷，壹種是自營出租直銷。首先，轉讓直營店。這種模式就是別人把店轉讓給妳，店裏的東西壹起轉讓。