1.Sqlserver和MySQL都是關系數據庫，整體功能沒有太大區別。它們都支持表、視圖、函數和存儲過程。
2.就部署平臺而言，sqlserver是微軟出品的。顯然必須部署在windows系統上，mysql既可以部署在windows系統上，也可以部署在linux系統上。在這方面，mysql的優勢更加明顯。
3.就使用成本而言，目前mysql的開發和使用成本很小，而sqlserver作為微軟的產品，應用和商業都必須購買，價格也較高。所以mysql在這壹點上還是有優勢的。
4.mysql短小精悍，易學易用，操作相對簡單。sqlserver作為壹個大型數據庫系統，操作起來稍微復雜壹點，但是它有壹個強大的圖形界面工具來操作。目前mysql多用於壹些網站系統，即對網頁響應速度快的系統。Sqlserver多用於壹些行業的信息系統中。
5.5.mysql的性能很優秀，但是穩定性不如sqlserver，而且sqlserver有很強的備份和恢復機制，在數據完整性和容錯性上有很大優勢。Sqlserver可以方便地分離和附加整個數據庫，還可以定制維護計劃和詳細的日誌信息。
所以這兩種數據庫系統應該說各有利弊，可以根據具體的開發和應用場景來選擇。
對於移動終端開發(iOS、Android)，建議服務器使用mysql，部署在Linux環境下更穩定。