雖然好處很多，但是過度運動或者慢跑不當也有可能造成運動損傷。根據體育部門的說法，由於慢跑不當可能出現的最常見的不良反應是膝蓋疼痛，其次是腳跟肌腱炎、腳跟疼痛、腳底疼痛、背部和髖關節問題，而腳踝扭傷和鞋子過緊可能會引起神經炎癥，運動不當可能會引起心絞痛。
為了幫助人們安全慢跑，運動員們還提出了“慢跑五要”。慢跑前，他們應該充分熱身。其次，他們應該選擇合適的慢跑鞋。鞋跟要有良好的減震效果，鞋的後部要能蓋住踝關節。要慎重選擇慢跑場地，避免在凹凸不平、水泥、石子路面上慢跑，慢跑時量力而行，最後適當慢跑。例如，心臟病患者最好在慢跑前與醫生討論。
運動專家還建議，慢跑時可以選擇無縫運動服，減少皮膚與衣服的摩擦；慢跑褲要輕便、透氣、快幹。壹般褲子長度到膝蓋比較好。