其實除了這種單店合作模式，很多加盟品牌還提供區域代理合作模式。相對於加盟單店的創業者只開壹家分店的方式，區域代理意味著創業者可以獲得整個區域的代理權，從而可以根據具體的市場情況在區域內開多家分店。而且在創業者獲得整個區域的代理權後，只有創業者可以在這個區域開這個品牌的加盟店，其他人無權在這個區域開這個品牌的加盟店，除非創業者授權他人在這個區域開店，這樣就避免了與同品牌其他創業者的競爭，從而很好的保證了創業者的利益。相比之下，單店加盟的話，只能開加盟分店，無權幹涉其他創業者在同壹區域開該品牌的其他店。
當然，為了保證加盟商的利益，正規加盟商會為加盟商提供區域保護政策。雖然不同的創業者可以在同壹地區、同壹城市開設同壹品牌的加盟商，但必須相隔壹定距離，避免同壹商圈的惡性競爭。既然區域代理拿到了整個區域的授權，那麽相應的代理費肯定會比單店高很多。比如壹個品牌的加盟總費用在10萬左右，那麽區域代理的代理費可能在百萬左右甚至更高，主要看區域的大小。如果只是壹個城市或者壹個城市的某個區，那麽區域代理費會便宜壹些，但是如果是壹個省或者壹個省和壹個大區，那麽區域代理費會高很多。