發酵是指人們在有氧或無氧條件下，借助微生物的生命活動，自行制備微生物細胞，或直接代謝產物或次生代謝產物的過程。發酵有時會寫成發酵酵母，其定義因地而異。通常，發酵是指生物對有機物的某種分解過程。發酵是人類較早接觸的生化反應，現在廣泛應用於食品工業、生物和化學工業。也是生物工程的基本過程，即發酵工程。對其機理和過程控制的研究仍在繼續。
酵母、乳酸菌等微生物的厭氧呼吸也叫發酵。
傳統上，人們利用固態發酵生產面包、麥芽、酒曲、酒精飲料、醬油、豆豉、蘑菇等食品或生產中間原料。現代研究發現，固態發酵生產的壹些食品中含有生理活性物質，說明固態發酵在生產這些食品和食品添加劑方面具有優勢。隨著能源危機和環境問題的日益嚴重，固態發酵技術以其獨特的優勢引起了人們的極大興趣。固態發酵及其在資源、環境和蛋白飼料方面的應用研究取得了很大進展，主要表現在生物飼料、生物燃料、生物農藥、生物轉化、代謝解毒和生物修復的成功開發和應用，為固態發酵的持續發展提供了有力支撐，為傳統技術的發展提供了廣闊的應用前景。此外，中藥固態發酵對保持中藥原有功效、減少毒性反應有重要作用。