1.檸檬果皮上的小黑點是自然生長的，即從花雕謝到果實整個膨大期，在果實表面形成褐色或深褐色斑點、線狀或無定形的硬膠斑，這是因為果實沒有噴過農藥，或被雨水沖刷，得了黑斑病。原名樹脂病或砂皮病，是柑橘類水果的常見病害。這種黑點不要緊，就是不好看，對檸檬沒有影響。相對來說，沒有農藥殘留。檸檬果還是不錯的，可以食用。
2、蟲害造成的。在檸檬的生長過程中，壹些害蟲會導致果皮上出現壹些黑點。以及壹些風吹雨打，黑色素的形成等。有壹定影響。在這種情況下，就要看表皮上的黑點能不能擦掉，果皮能不能去掉，這樣果實才完整，才可以食用。如果果實中有害蟲，就不能食用。
3、真菌黴變。檸檬采收後，如果不清洗和打蠟，在儲存和運輸過程中很容易出現這樣的問題。這種黑斑顏色較深，黴斑明顯，甚至長毛。如果它只生長在表皮上，在沒有果皮和因果皮保護的情況下，果實仍然可以食用。如果果肉有黴點和黑點，則不能食用。必須扔掉。