然而，她的命運並不順利。當時，瑪麗女王和她的表妹亨利·斯圖亞特(HenryStuart)關系破裂，由此引發了壹系列醜聞和陰謀，包括亨利遇刺、瑪麗女王被綁架、墮胎等等。1578年，瑪麗女王被迫流亡英國，生活在伊麗莎白壹世女王的保護下。
但是，她在英國的待遇也不好。伊麗莎白壹世經常懷疑她試圖奪取英國王位，常年對她進行監視和軟禁。瑪麗女王試圖逃跑，但多次失敗。1586年，她被指控參與兵變陰謀，被捕受審，被判有罪，判處死刑。
1587年2月8日，44歲的瑪麗·斯圖亞特在倫敦塔被斬首。她被認為是蘇格蘭歷史上最具爭議和傳奇色彩的歷史人物之壹。她熱情、開朗、美麗、溫柔、聰明，有很多支持者。但是，很多人把她當成政敵和競爭對手。她的去世引發了當時英國和蘇聯以及歐洲局勢的變化，對世界歷史產生了深遠的影響。