這種食物中毒比較常見，原因是食品在加工、運輸、儲存過程中不達標，被細菌汙染。在壹定條件下(如高溫、儲存時間長等。)，細菌在食物中大量繁殖，有的甚至會產生毒素。這種含有大量細菌或細菌毒素的食物，人食用後會中毒。
真菌引起的食物中毒
真菌種類繁多，在糧食上繁殖的真菌能使其發黴並產生有毒的代謝產物，人或牲畜食用後可引起中毒，即真菌毒素中毒。近年來，我國真菌毒素中毒呈上升趨勢。
有毒動植物中毒
有些動植物本身就含有毒素，如河豚、銀杏、苦杏仁、蒼耳、毒蘑菇、發芽的土豆等。而且不易被破壞和清除，食用或誤食後會引起食物中毒。此外，壹些常吃的食物也可因加工烹調方法不當而引起中毒，如未煮熟的扁豆、未煮熟的豆漿、鐵鍋煮的山楂、秋海棠等。此外，野芹菜、野豌豆、蓖麻豆、油桐、皂莢的葉子，茄子(如曼陀羅)的種子和葉子，天仙子(即天仙子)等都是劇毒，誤食可導致食物中毒。