烤紅薯被認為會致癌，壹方面是因為烤是高溫烹飪，壹般溫度可達160℃-170℃，炭烤溫度可達350℃。澱粉類食品加熱到140℃以上會產生丙烯酰胺，蛋白質糊會產生雜環胺，脂肪在高溫下會產生苯並芘等致癌物質。然而，並不是所有的烘焙食品都是不健康的。雖然丙烯酰胺是壹種致癌物，但它是壹種2A類致癌物，是壹種潛在的致癌物。對動物致癌的證據很明確，但對人致癌的證據有限，吃了不致癌。而且紅薯幾乎沒有脂肪，蛋白質也很少。攤販大多用炭火間接烤紅薯，能達到的溫度有限。紅薯正常烘烤不易產生大量雜環胺和苯並芘致癌物。
另壹方面，也有人認為烤紅薯表面的棕黑色斑點會致癌。這個黑點是因為紅薯烘烤過程中會發生美拉德反應，產生對身體有害的物質，如還原性酮、醛類等。但是，美拉德反應只發生在食物表面。紅薯是帶皮烤的，有害物質都集中在皮裏。吃之前把皮剝掉就行了。與烤過的部分相比，有幹燥的黑色斑點，烤過的紅薯表面有褐色粘稠物質。這是因為紅薯中的糖分在高溫下濃縮，產生焦糖化反應。溫度越高顏色越深，最後變黑碳化，不是烤紅薯的致癌物，沒有毒性。